انديشمندان اهل سنت با حمايت حاکمان از دير باز نگاهی نقادانه به فرهنگ و معارف شيعی داشته اند و همواره پرسشها و شبهاتی را مطرح می کرده اند که اين رويکرد با پيروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ايران به رهبری امام خمينی (قدس سره) با روشهای مدرن و با استفاده از همه امکانات و با حمايت استکبار جهانی در سطح وسيعی گسترش يافته است. اين تهاجم‌ها در سالهای اخير گسترش چشم گيری داشته است به گونه‌ای که نگاه ساير مسلمانان را نسبت به شيعيان و مذهب شيعه غبار آلود و گاه خشم آگين کرده است. تمامی اين شبهات و تهمت ها به خاطر برنتابيدن حاکميت مذهبی بود که در همه اعصار اسلامی به حاشيه رانده می شد. موج عظيمی که انقلاب اسلامی ايران بر پايه اسلام اصيل در دنيای امروز پديد آورد، از يک سو بيداری جهان اسلام و بلکه بشريت را در توانمندی حاکميت قرآن و مذهب اهل بيت: در پی داشته و قدرت بی بديل مذهب در اداره شؤونات فردی و اجتماعی بشر را به نمايش گذاشت. و از سويی ديگر هجمه ها و حملات ابرقدرتهای جهانی را عليه ايران اسلامی و مبانی بر آمده از صميم قرآن و عترت به دنبال داشت. از آنجايی که انقلاب اسلامی قبل از اينکه مبنای اقتصادی، سياسی، اجتماعی، فرهنگی و ... داشته باشد مبنای دينی و عقيدتی داشته و ريشه در اسلام ناب محمدی (ص) و مذهب اهل بيت (ع) دارد، حملات استکبار جهانی عليه مذهب شيعه متمرکز شده است و با ترفندهای گوناگون سعی در تضعيف ايران شيعی دارند. يکی از ترفندهای دشمنان اسلام، سازماندهی و تحريک فرق و مذاهب اسلامی غير شيعی عليه شيعه است. اين گروه ها با شبهه پراکنی، تهمت و افتراء، درصدد ناکارآمد جلوه دادن آموزه های شيعی و ايجاد تنفر از اين مذهب در بين مسلمين هستند. البته متون و دانشهای شيعی در جوامع حوزوی و دانشگاهی مورد تدريس و تحقيق بوده و از اين رهگذر تا حدودی پاسخ گوی سؤالات و نيازهای درونی جامعه شيعی بوده اند؛ اما گستردگی و تنوع مطالعات و موج شبهات با قالبهای امروزی آن عليه مذهب شيعه اين پاسخگويی را در حالت تدافع و انفعال قرار داده است. خروج از اين حالت و تبديل موضع دفاعی به موضع تهاجمی و فعال ضرورت شکل گيری مرکزی مستقل و متمرکز در اين باره را بازگو می کند. اين مهم، رسالت حوزه های علميه را دو چندان کرده و بايد در راستای دفاع از کيان مذهب با برنامه ريزی، شاگردانی توانمند و مسلط بر اصول و مبانی همه فرق اسلامی را تربيت کند.
مرجع فقيد و بصير جهان تشيع آيت الله العظمی فاضل لنکرانی (قدس سره) در راستای تحقق اهداف استاد خويش و بنيان گذار کبير انقلاب اسلامی حضرت آيت الله امام خمينی (قدس سره) و با درک چنين ضرورتی در سال 1383 اقدام به تأسيس مرکز تخصصی ائمه اطهار (ع) نمود.
این مرکز فعالیتهای آموزشی و پژوهشی خود را به امر ایشان و تحت اشراف فرزند برومندشان، آیت الله آقای حاج شیخ محمد جواد فاضل لنکرانی (دامت برکاته) آغاز کرد و در هر دو بخش به موفقیت های چشمگیری دست یافت.
مرکز تخصصی ائمه اطهار (ع) در سال 1390 با موافقت شورای گسترش حوزه‌های علمیه به عنوان یکی از مراکز تخصصی ثبت گردید و فعالیت های خود را تحت نظارت مدیریت حوزه علمیه های علمیه انجام می دهد.


ساختار اداری

مرکز تخصصی ائمه اطهار (ع) دارای ساختار اداری بسیار دقیق و منظمی به شرح زیر می باشد:

1) مؤسس و ریاست هيأت امناء

این مرکز هیئت امنایی اداره می‌شود و ریاست عالی آن به عهده عضو عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم حضرت آیت الله حاج شیخ محمد جواد فاضل لنکرانی(دامت برکاته) می باشد.

2) مدیریت

حجت الاسلام و المسلمین دکتر حبیبی تبار استاد حوزه و دانشگاه و از شاگردان آیت الله العظمی فاضل لنکرانی (قدس سره) مدیریت این مرکز را بر عهده دارند.

3) معاونت ها

این مرکز دارای چهار معاونت می باشد:
معاونت آموزش
معاونت اجرایی
معاونت پژوهش
معاونت تهذیب
حجج اسلام اسدالله رئیسی و علیرضا بهرامی که از دانش پژوهان برجسته و فارغ التحصیلان این مرکز می باشند به عنوان معاون آموزش و اجرایی و معاون پژوهش و تهذیب مشغول به فعالیت می باشند.
همچنین حجج اسلام حسینی، مزینانی و کمال بهرامی که ایشان نیز از دانش‌پژوهان این مرکز می باشند به عنوان مدیر پژوهش، مدیر اجرایی و مدیر آموزش مشغول به فعالیت می باشند.

4) شورا ها
مرکز تخصصی ائمه اطهار (ع) دارای سه شورا می باشد:

الف: شورای پژوهشی.

بر پايه تأکيدات استاد معظم آيت الله حاج شيخ محمد جواد فاضل لنکرانی (دامت برکاته) در اهتمام مرکز به چاپ و انتشار تحقيقات دانش پژوهان، و نظر استاد معظم علامه نجم الدين طبسی (دامت برکاته) بر عمق بخشی و نظارت علمی هر چه بيشتر بر نگاشته های علمی دانش پژوهان و دانش آموختگان مرکز، شورای پژوهشی تأسيس شد.
وظایف این شورا عبارت است از:
1) تدوین مشخصات کلی و برنامه های مرکز.
2) تدوین آيين نامه پژوهشی.
3) تدوین طرح نامه مرکز تخصصی.
4) تدوین آيين نامه ارائه کنفرانس علمی و ارزيابی آن.
5) طراحی جداول و فرم های اطلاعات شخصی و پژوهشی دانش پژوهان.
جلسات این شورا به طور منظم هر هفته برگزار می گردد.
اعضای این شورا عبارتند از: حجج اسلام آقایان 1. حبيبی تبار: مدير مرکز، 2. رئيسی: معاون مرکز، 3. عليرضا بهرامی: معاون مرکز، 4. پورامينی، 5. بلقان آبادی، 6. محسن طبسی، 7. بيانی، 8. حسينی.

ب: شورای آموزشی.

این شورا در راستای تنظیم دستور العمل های آموزشی و پیگيری امور آموزشی مرکز در مهر ماه سال 1393 آغاز به کار نمود.
اعضای این شورا عبارتند از: علامه نجم الدين طبسی، حجج اسلام آقایان 1. حبيبی تبار، 2. قيومی، 3. نجارزادگان، 4. طباطبايي، 5. بابايي، 6. رجبی، 7. پورامينی، 8. پاکدل، 9. رئيسی، 10. عليرضا بهرامی.
در حال حاضر اعضای این شورا مشغول اصلاح کلیات و سرفصل های رشته تربیت محقق که چندین دوره اجرا شده، جهت اخذ مجوز برای رسمی شدن مرکز از شورای عالی می باشند.

ج: شورای فضای مجازی.

در راستای نظارت بر فعالیت های سایت مرکز و همچنین تدوین برنامه کلی سایت، این شورا در اسفند سال 1392 تشکیل شد. این شورا در واقع به عنوان اتاق فکر سایت مرکز بوده و نظارت بر فعالیت سردبیران از وظایف این شورا می باشد. جلسات این شورا به طور منظم هر هفته برگزار شده و اعضای شورا گزارش فعالیت هفتگی خود را ارائه نموده و چشم انداز و برنامه های هفته آتی خویش را نیز به اطلاع حاضرین در جلسه می رسانند.
اعضای این شورا عبارتند از: حجج اسلام آقایان 1. اسدالله رئيسی: معاون مرکز و رئیس شورا، 2. مهرابی: مدير مسئول سايت، 3. عليرضا بهرامی: معاون پژهش مرکز و سردبير بخش مقالات، 4. کمال بهرامی: سردبير بخش کتابخانه،
5. صفريان: سردبير بخش شبهات، 6. صبوری: سردبير بخش فرق و مذاهب،
7. بيانی: سردبير بخش مدرس، 8. منصور سمائی: سردبير بخش جديث پژوهی، 9. کهندانی: سردبير بخش اخبار و اطلاعيه ­ها.

سایت مرکز (www.aemehathar.com)
با توجه به خلأ موجود در فضای مجازی پیرامون مباحث کلامی و مبانی مذهبی این سایت در رجب المرجب سال 1434 راه اندازی شد و دارای بخش های متنوعی از جمله: حدیث پژوهی، سؤالات و شبهات، مقالات علمی، مدرس، کتابخانه، معصومین، اخبار و... می باشد و به طور مستقیم زیر نظر حوزه مدیریت اداره می گردد.

شرايط پذيرش
تمام طلاب علوم دينی که حداقل سطح دو حوزه را گذرانده باشند می توانند در اين رشته شرکت کنند.
موفقيت در آزمون کتبی و مصاحبه و نيز اشتغال به دروس خارج حوزه علميه، عدم اشتغال به تحصيل در ديگر دانشگاه ها، مؤسسات آموزش عالی و مراکز تخصصی حوزوی و همچنين برخورداری از صلاحيت اخلاقی و توانايی پژوهشی و فکری لازم و متناسب از مهم ترين شرايط پذيرش در رشته تربيت محقق مذاهب اسلامی به شمار می آيد.


مدت دوره
مدت دوره در مقطع سطح سه بدون احتساب پايان نامه 7 نيمسال تحصيلی (ترم) و به مدت سه سال و نيم خواهد بود. نظام آموزشی اين مرکز به صورت واحدی ارائه می شود. کليه دروس هر ترم 15 هفته معادل يک نيمسال تحصيلی است و زمان تدريس هر واحد درس نظری 15 ساعت و هر واحد عملی نيز15 ساعت است.

تعداد واحدها
طراحی اين دوره بر اساس 84 واحد درسی انجام شده است:
دروس پيش نياز 6 واحد
دروس عمومی 12 واحد
دروس تخصصی 66 واحد.

دانش پژوهان

این مرکز از ابتدا تا کنون بیش از 100 دانش پژوه جذب نموده که 30 نفر از آنها فارغ التحصیل شده و 70 نفر از ایشان مشغول به تحصیل و پژوهش هستند.
دانش پژوهان این مرکز از ابتدا به تاکنون در قالب شش گروه به تحصیل پرداخته اند:
گروه اول: پذیرش این دانش پژوهان در سال 83 انجام شد و 17 نفر از طلاب این گروه در سال 1387 فارغ التحصیل شدند.
گروه دوم: دانش پژوهان این گروه در سال 1386 بعد از قبولی در آزمون کتبی و مصاحبه علمی، مشغول به تحصیل شده و در سال 1391 فارغ التحصیل شدند.
دانش پژوهان این دو گروه هم اکنون به عنوان استاد حوزه، امام جمعه و... در نقاط مختلف کشور مشغول به خدمت بوده و بیشتر آنها نیز در این مرکز مشغول فعالیت های علمی و پژوهشی می باشند.

گروه سوم: با توجه به اینکه امور بین الملل دفتر مرجع فقید آیت الله العظمی فاضل لنکرانی (قدس سره) در کشورهای هند و پاکستان فعالیت های قابل توجهی داشته، در سال 1388 بنا بر درخواست بعضی از علمای آن بلاد مبنی بر تربیت طلابی نخبه در زمینه فرق اسلامی و پاسخ گویی به شبهات، حود 30 نفر از طلاب این کشورها بعد از قبولی در آزمون کتبی و مصاحبه علمی، در این مرکز مشغول به تحصیل و پژوهش شدند.
گروه چهارم: بنا بر درخواست بعضی از علمای افغانستان از ریاست عالی مرکز تخصصی ائمه اطهار (علیهم اسلام) حضرت آیت الله حاج شیخ محمد جواد فاضل لنکرانی(دامت برکاته) حدود 20 نفر از طلاب این کشور بعد از قبولی در آزمون کتبی و مصاحبه علمی، در این مرکز مشغول به تحصیل شدند.
شایان ذکر است دانش پژوهان این دو گروه اکنون در این مرکز مشغول به تحصیل و انجام کارهای تحقیقاتی بوده و به طور مرتب به کشورهای خود رفته و به امور تبلیغی می پردازند.
تربیت استاد جهت مراکز مزار شریف و کابل از اهداف جذب این دو گروه بوده است.

گروه پنجم: دانش پژوهان این گروه در نیسمال دوم تحصیلی سال 93- 92 بعد از قبولی در آزمون کتبی و مصاحبه علمی، مشغول به تحصیل شده و هم اکنون در ترم چهارم تحصیلی خود مشغول به تحصیل هستند.
گروه ششم: دانش پژوهان این گروه در نیسمال دوم تحصیلی سال 94- 93 بعد از قبولی در آزمون کتبی و مصاحبه علمی، مشغول به تحصیل شده و هم اکنون در ترم اول تحصیلی خود مشغول به تحصیل هستند.

کارگاه های آموزشی
این مرکز در راستای فعالیت های آموزشی و پژوهشی خویش اقدام به برگزاری چند کارگاه نموده که برخی از آنها عبارتند از: کارگاه آموزشی و تخصصی نقد جریان­های تکفیری و سلفیه با حضور استاد حسن محمد حسن از مصر، آموزش فعاليت در فضای مجازی، آموزش کامپیوتر (هر هفته يک جلسه)، کارگاه روش و سبک مقاله نویسی در مشهد مقدس.

گروه‌های علمی
این مرکز تخصصی دارای چهار گروه علمی می‌باشد که دانش‌پژوهان برجسته فارغ التحصیل بنا به علایق و تشخیص مدیریت به عنوان هیئت علمی جذب یکی از گروههای چهارگانه شده و مشغول فعالیت می‌گردند. دانش پژوهان گروه اول و دوم مرکز بعد از فراغت از تحصیل فعالیتهای پژوهشی خود را در قالب 4 گروه علمی تخصصی انجام می­دهند:
1) گروه فقه تحت نظارت استاد علامه نجم الدین طبسی
2) گروه تفسیر تحت نظارت استاد حجت الاسلام و المسلمین بابایی
3)گروه کلام تحت نظارت استاد حجت الاسلام و المسلمین رجبی
4)گروه حدیث تحت نظارت استاد حجت الاسلام و المسلمین طباطبایی

بخشی از آثار منتشره
با توجه به اينكه رویکرد مركز تخصصی ائمه اطهار (ع)، پژوهش محوری است اين مركز اهميت ويژه ای برای پژوهش دانش پژوهان قائل است و هر دانش پژوه موظف است در طول ترم پژوهش ‌هايی چند را در اختيار اساتيد خود قرار دهد. دستاورد اين تلاش ‌ها، دهها كتاب، مقاله و رساله‌ارزشمند علمی ـ پژوهشی است كه برخی از آنها عبارتند از:

الف) کتب منتشر شده (29 عنوان)
رویکرد عقلانی بر باورهای وهابيت (شفاعت، تبرك، استغاثه) ج 1، رویکرد عقلانی بر باورهای وهابيت (زيارت اهل قبور، نماز، دعا دركنار قبر) ج2، رویکرد عقلانی بر باورهای وهابيت (تعمير قبور، نذر، سوگند به غير خدا) ج3، خورشید کربلا، سلفیان در گذر تاریخ، اولین یار پيامبر کیست؟، حدیث سلسلة الذهب، اصحاب النبی حول سید الوصی، حی علی خیر العمل فی مصادر الفریقین، راه روشن، ارتداد و آزادی اندیشه و بیان در اسلام، محمد بن مسلم، حق و حقیقت (سندی)، مسیحیت کنونی، عبدالرزاق الصنعانی (شخصیته و تراثه العمی)، ازدواج موقت از دیدگاه قرآن و سنت، مبانی فقهی جاسوسی و ضد جاسوسی، ربا و حرام خواری سبک زندگی شیطانی و...

ب) کتب در دست انتشار (4 عنوان)
برخی از تحقیقات پژوهش های دانش پژوهان این مرکز در حال چاپ و برخی نیز در حال ارزیابی بوده و در صورت تأیید در شورای پژوهشی به چاپ خواهد رسید.

ج) رساله های علمی تألیف شده (176 عنوان)
همان گونه که اشاره شد دانش پژوهان این مرکز علاوه بر فعالیت های آموزشی، مشغول به فعالیت های پژوهشی نیز می باشند و تحقیقات فراوانی در موضوعات مختلف انجام داده اند که در این بخش به برخی از آنها اشاره می کنیم:
حدیث طیر، نیمه شعبان، ازدواج ام کلثوم، احادیث و فضائل امیرالمؤمنین (ع) در کتاب مستدرک حاکم، زید بن ثابت، بررسی فرق فقهی کلامی اهل سنت، نقد و بررسی زیارت ناحیه مقدسه، بررسی حدیث سد الأبواب، بررسی آیه عبس و تولی، بررسی آیه و ما انسانیه إلا الشیطان، بررسی روایات عرض الأعمال، بررسی تاریخی و روایی زیارت اهل قبور، مولود حقیقی کعبه، مغرب شرعی، مهدویت عند الفریقین، شهادت ثالثه، التثویب، حکم الأرجل فی الوضوء، حکم التأمین فی الصلوة، فدک، اجتهاد و تقلید، تلقیح مصنوعی، عدالت صحابه و...

د) جزوات منتشر شده پيرامون موارد خاص.
1) ره توشه محرم.
2) ره توشه صفر
3) ره توشه رمضان.
4) ره توشه فاطمیه.
5) پاسخ به شبهات مربوط به محرم و عزاداری.
6) اسوه شناسی فاطمه زهرا (س).

همایش ها و نشست های علمی
در فرایندی که جهان اسلام بیش از هر زمان دیگری از مسائل به وجود آمده توسط جریانهای تکفیری رنج می برد و خون هزاران مسلمان بی گناه به بهانه های واهی بر زمین می‌ریزد، بدون شک شناخت و نقد عالمانه این تفکر، مسلمانان را از فرو غلطیدن در افکار انحرافی ایشان باز می دارد.
در این راستا مرکز تخصصی ائمه اطهار (ع) بر آن شد تا با هدف شناخت و نقد تفکر سلفیه با برگزاری سلسله نشستهای تخصصی به بررسی نقد باورهای این جریان پرداخته و عقاید آنان را در ترازوی نقد قرار دهد.
این نشست ها تابحال در 16 برگزار شده که عبارتند از: نشست علمی با موضوع مفهوم شناسی سلفيه (دکتر عليزاده موسوی)، تاريخ تفکر سلفی­گری (دکتر فرمانيان)، جريان شناسی سلفی­گری معاصر (دکتر فرمانيان)، جريان شناسی وهابيت (دکتر عليزاده موسوی)، بررسی فقهی جريانهای تکفيری (آيت الله محمد جواد فاضل لنکرانی)، جريانهای تکفيری ديدگاه اهل سنت (تاج الدين الهلالی)، نقش علمای دين در وحدت اسلامی (مفتی رومانی)، تاريخچه جريانهای تکفيری (آيت الله نجم الدين طبسی)، ظرفيت محبت اهل بيت در وحدت اسلامی (شيخ سيد حسين برکه از فلسطين)، ديوبنديه و جماعت تبليغ (دکتر عليزاده موسوی)، جايگاه قرآن و حديث نزد سلفيه (دکتر پاکتچی)، ظرفیت معنوی شیعه (دکتر انشاء الله رحمتی)، مبانی وحدت اسلامی و تقریب مذاهب (دکتر حسن زمانی)، نقد تکفير از ديدگاه مذاهب اربعه ( استاد عزّ الدین رضا نژاد)
لازم به ذکر است که چهار نشست اول چاپ و در اختیار علاقه‌مندان قرار گرفته است و نشست های بعدی نیز در حال ویرایش و آماده سازی می‌باشد.
شش کنفراس علمی با موضوع اربعين پژوهی، حضرت رقيه (س)، حی علی خير العمل، عبدالرزاق، وهابيت و توسل ، نشانه های نصب در آثار و تألیفات ذهبی از دیگر نشست های برگزار شده در این مرکز می باشد.
همچنین این مرکز با همکاری انجمن کلام اقدام به برگزاری مجموعه درس گفتارهای نقد و بررسی مبانی و جریان ­های سلفی توسط استاد دکتر عليزاده موسوی نموده است. این جلسات روزهای دوشنبه برگزار شده و در حال حاضر نیز ادامه دارد.

اعزام مبلغ:
یکی از امتیازاتی که این مرکز برای دانش پژوهان در نظر گرفته، استفاده از آنان به عنوان مبلغ است که در طول سال در ایام تبلیغی (محرم، صفر، رمضان و فاطمیه) اولویت در اعزام با این عزیزان می‌باشد.